متاژنومیکس برای شناسایی ویروس ها در پلاسما

به گزارش واحد ژنتیک پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، تیم بزرگی از دانشمندان پزشکی وابسته به مجموعه ای از موسسات در نیجریه و ایالات متحده دریافتند که می توان از متاژنومیکس برای شناسایی میزبانی از ویروس ها در نمونه های پلاسمای واقعی استفاده کرد. این گروه توضیح می دهد که چگونه از تکنیک توالی ژنتیکی برای شناسایی عفونت های ویروسی در تعداد زیادی از مردم نیجریه استفاده کردند.

متاژنومیکس برای مطالعه مواد ژنتیکی به طور مستقیم از نمونه های محیطی یا بالینی استفاده می شود. توالی ژنتیکی اطلاعات بیشتری در مورد منبع مواد زنده در نمونه ها نشان می دهد. استفاده از آن در طول همه گیری جهانی به عنوان وسیله ای برای نظارت سریع یک پاتوژن، شهرت گسترده ای به دست آورد. چنین رویکردی نتایج بسیار سریع تری را نسبت به روش های میکروبیولوژی سنتی در اختیار افراد پزشکی قرار می دهد. در این تلاش جدید، محققان اثربخشی استفاده از متاژنومیکس را برای شناسایی انواع پاتوژن ها در نمونه های پلاسمایی جمع آوری شده از بیماران واقعی آزمایش کردند.

این تیم از 593 نفر که در نیجریه زندگی می کردند، نمونه های خون دریافت کردند که همگی علائم یک بیماری را نشان می دادند. برخی از آنها به تب لاسا (یک بیماری خونریزی دهنده ناشی از ویروس لاسا) مبتلا بودند. علل عفونی و گروهی دیگر به وضوح بیمار بودند اما هنوز چیزی تشخیص داده نشده بود. در انجام آزمایش متاژنومیک بر روی همه نمونه ها، تیم تحقیقاتی دریافتند که آنها قادر به شناسایی 13 ویروس بودند، از جمله ویروس بسیار نادری که گمان می رود باعث ایجاد دی سیسترویروس می شود. آنها آن را دی سیستروویروس 2 مرتبط با خون انسان (hbad2) نامیدند. این تیم همچنین دریافتند که ویروس پژی C در افرادی که به تب لاسا نیز آلوده بودند شایع است و حضور آن در چنین نمونه هایی با بارهای ویروسی کوچک تر همراه است. محققان همچنین دریافتند که برخی از نمونه ها حاوی ویروسی هستند که باعث تب زرد می شوند و برخی دیگر باعث ایجاد mpox می شوند.

تیم تحقیقاتی خاطرنشان کرد که استفاده از متاژنومیکس به جای رویکرد میکروبی سنتی به آن ها اجازه می دهد برخی از عفونت های ویروسی را در برخی از افرادی که نمونه های پلاسما را تهیه کرده اند رد کنند. مشخص شد برخی از آنها از مسمومیت با آفت کش ها رنج می برند، نه عفونت ویروسی. آنها در پایان پیشنهاد کردند که مطالعه آنها قدرت و کارایی متاژنومیکس و چگونگی استفاده از آن برای کمک به جلوگیری از همه گیری های آینده را نشان می دهد.