شناسایی دقیق کروماتین در تومور کودکان

به گزارش واحد ژنتیک پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، محققان مرکز تحقیقات سرطان کودکان، تجزیه و تحلیل ساختاری کروماتین سه بعدی و خصوصیات رابدومیوسارکوم (RMS) را گزارش کردند. RMS یک تومور بافت نرم کودکان است که عمدتاً کودکان بین 0 تا 4 سال را تحت تأثیر قرار می دهد، اما می تواند نوجوانان را نیز تحت تأثیر قرار دهد. تومور رابدومیوسارکوم (RMS) یک سرطان نادر دوران کودکی است که سالانه 250 تا 350 مورد جدید تخمین زده می شود. ناحیه سر و گردن، یک مکان آناتومیک اصلی برای RMS است. RMS اربیتال شایع ترین تومور بدخیم اولیه است. رابدومیوسارکوم اربیتال یک نئوپلاسم بدخیم است که اغلب در ابتدا توسط چشم پزشکان مشاهده می شود. تشخیص سریع می تواند جان فرد مبتلا را نجات دهد.میزان بقا بسته به مرحله و نوع فرعی به طور چشمگیری از 10٪ تا 90٪ متفاوت است. به گفته منگ وانگ، دانشمند ارشد بیوانفورماتیک در مرکز تحقیقات سرطان کودکان، در حالی که پروژه ژنوم انسان توالی یک بعدی از جفت های پایه را ارائه می کند، باید متوجه باشیم که ژنوم انسان سه بعدی است. سرطان ها می توانند به دلیل جهش در خط کد ایجاد شوند، اما می توانند به دلیل ارتباط ژن های مختلف با یکدیگر در فضای سه بعدی نیز ایجاد شوند. برای درک اینکه چگونه ساختار سه بعدی ژنوم RMS می تواند به تشکیل تومور کمک کند، این تیم عمیق ترین و جامع ترین تجزیه و تحلیل ساختار تا به امروز را آغاز کرد.

رابدومیوسارکوم ها از سلول هایی با ویژگی های بافت شناسی عضله مخطط در مراحل مختلف جنین زایی تشکیل شده اند که می توانند در چندین محل در بدن از جمله ناحیه چشمی ایجاد شوند. بیشتر رابدومیوسارکوم های چشمی در بافت های نرم مدار چشم ایجاد می شوند، اما به ندرت می توانند در سایر ساختارهای آدنکس چشم و حتی در داخل چشم ایجاد شوند. علاوه بر این، RMS می تواند به طور ثانویه با گسترش مستقیم از سینوس های پارانازال یا نازوفارنکس به مدار چشم دسترسی پیدا کند. به ندرت، RMS می تواند از مکان های دور به مدار متاستاز دهد. با این حال، اکثر RMSهای چشمی از مدار چشم ناشی می شوند.

این تیم نقشه های تعامل کروماتین در محل را برای متداول ترین خطوط سلولی RMS ایجاد کردند. آنها اجزای ساختاری مشترک و متمایز را در محفظه های کروماتین در مقیاس بزرگ، ژن های ضروری تومور با دامنه های مرتبط توپولوژیکی متغیر (TADs) و الگوهای منحصربه فرد تنوع ساختاری کشف کردند. این تیم اولین گروهی است که به طور جامع محفظه ها و TAD های RMS را توصیف می کند. یک گام بزرگ رو به جلو برای این حوزه از نظر درک RMS و شناسایی اهداف احتمالی برای درمان های جدید است. نقشه های تعاملی کروماتین با عمق بالا و تحلیل های جامع این تیم، زمینه ای را برای رویدادهای تنظیم کننده ژن فراهم می کند و حوزه های کروماتین عملکردی را در RMS نشان می دهد.