تعریف استانداردهای جهانی برای انتشار تصاویر میکروسکوپی

به گزارش روابط پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، به عنوان بخشی از یک ابتکار جهانی، محققان دستورالعمل هایی را برای انتشار تصاویر میکروسکوپی در رسانه های علمی تهیه کرده اند. معیارها، که در قالب چک لیست خلاصه می شوند، مبنایی را برای اطمینان از قابل فهم بودن داده های تصویربرداری زیستی منتشر شده در زمینه علوم زیستی و پزشکی و تکرارپذیر بودن تحقیقات مربوطه تشکیل می دهند. این تنها راه برای باز کردن پتانسیل کامل آنها برای تحقیق است.

این نتایج که توسط 54 محقق از بیش از 48 موسسه در سراسر جهان به دست آمده و در Nature Methods منتشر شده است، احتمالاً بر شیوه های انتشار جهانی در مورد تصاویر میکروسکوپی تأثیر می گذارد. محققان یک گروه کاری در یک ابتکار جهانی در زمینه ارزیابی کیفیت و تکرارپذیری برای ابزارها و تصاویر در میکروسکوپ نوری (QUAREP-LiMi) تشکیل می دهند.

EMBL در سطح جهانی به دلیل خدمات داده ها و میکروسکوپی خود شناخته شده است و مدت هاست که طرفدار دسترسی باز بوده است، که این دستورالعمل ها با استاندارد کردن نحوه اشتراک گذاری داده های تصویربرداری زیستی به دستیابی به آن کمک می کنند.

کریستین تیشر، رهبر تیم در مرکز علوم داده EMBL، نماینده EMBL بود و نقش مهمی در تدوین چک لیست هایی داشت که در قلب مقاله قرار دارند.

Tischer توضیح داد: برای ایجاد نتایج علمی منتشر شده، مهم است که داده ها و تجزیه و تحلیل های مربوطه از نظر علمی دقیق، قابل تکرار و در دسترس باشند. برای تحقیقات مبتنی بر میکروسکوپ، این موارد از مسائلی مانند خوانایی داده های تصویر در شکل های انتشار، ارائه اطلاعات مقیاس، و انتخاب مسئولانه تنظیمات کنتراست گرفته تا اشتراک گذاری داده های تصویر در بایگانی های عمومی و قابل دسترس کردن تجزیه و تحلیل داده های اولیه تا نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده ها را شامل می شود.

سالانه بیش از یک میلیون مقاله علمی در علوم زیستی و پزشکی منتشر می شود. تقریباً یک سوم آنها شامل تصاویری مانند داده های میکروسکوپی سلول ها یا بافت ها است. با این حال، بسیاری از این تصاویر نمی توانند به طور کامل توسط مخاطبین هدف درک شوند، زیرا اطلاعات کلیدی، به عنوان مثال، اطلاعات در مورد مقیاس های استفاده شده وجود ندارد. علاوه بر این، بسیاری از آنها فاقد اطلاعات در مورد نحوه دقیق تولید داده های میکروسکوپی هستند که دیگر محققان را از تولید مجدد داده های میکروسکوپی مشابه باز می دارد.

اکنون، به عنوان بخشی از ابتکار جهانی QUAREP-LiMi، این گروه کاری تخصصی دستورالعمل های ارتباطی، به ویژه برای تصاویر میکروسکوپی و داده های تجزیه و تحلیل تصویر را توسعه داد.

هلنا جمبور، آغازگر کارگروه مسئول دستورالعمل ها، نویسنده مقاله علمی و دانشمندان مرکز ملی بیماری های تومور درسدن (NCT/UCC) و در دانشگاه پزشکی درسدن ) می گوید: دانشمندان در سراسر جهان و مجلات علمی برجسته نیاز فوری به استانداردهای انتشار تصاویر میکروسکوپی را نشان داده اند.

این دستورالعمل ها باید توسط محققان تهیه شود، زیرا آنها بهتر می دانند که کدام معیارهای کیفیت برای کار آنها اهمیت ویژه ای دارد.

با علم به اینکه بسیاری از نشریات همچنین نتایج تجزیه و تحلیل تصویر را ارائه می دهند، این گروه تجویز کردند که نویسندگان دقیقاً نحوه تولید داده ها را شرح می دهند، به عنوان مثال، از کدام راه حل های نرم افزاری و تنظیمات استفاده شده اند، و داده های نمونه برای بررسی نتایج در دسترس هستند. به طور کلی تصاویر باید در پایگاه های اطلاعاتی مناسب در اختیار جامعه علمی قرار گیرد تا بتوان از آنها برای تحقیقات بیشتر استفاده کرد.

کریستوفر اشمید، اولین نویسنده مقاله و دانشمند بنیاد فناورانه انسانی در میلان و در لایبنیتز-فورشانگسینستیتو فور مولکولار فارماکولوژی (FMP) گفت: این دستورالعمل ها برای همه محققانی که با میکروسکوپ نوری کار می کنند، از مبتدی تا متخصص طراحی شده است. آنها امکان انتشار تصاویر و نتایج تجزیه و تحلیل تصویر را فراهم می کنند که استانداردهای با کیفیت بالا را برآورده می کنند، قابل تکرار و در نتیجه قابل قبول هستند و مبنای خوبی برای پروژه های تحقیقاتی بیشتر فراهم می کنند.