بسط تکراری در ژنوم سرطان انسان

به گزارش واحد ژنتیک پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، گسترش تکرارهای DNA پشت سر هم (TRs) شناخته شده است که باعث بیش از 50 بیماری ویرانگر انسانی، از جمله بیماری هانتینگتون و سندرم X شکننده می شود. مجاری TR که باعث بیماری انسان می شوند معمولاً بزرگ هستند (بیش از 100 جفت باز). با این حال، شناسایی TRهای بزرگ با روش های توالی یابی DNA کوتاه خوان دشوار است، زیرا توالی های تکراری در ژنوم وجود دارند و بسیاری از آن ها بسیار بزرگ تر از طول خواندن توالی یابی معمولی هستند که نمی توانند به طور منحصربه فرد به ژنوم مرجع نگاشت شوند. بنابراین، بسیاری از TRهای بزرگ با فناوری های ژنومی کنونی شناسایی نمی شوند، و علی رغم اهمیت آن ها برای بیماری های تک ژنی، فراوانی و عملکرد تکرار مکرر گسترش (rREs) در بیماری های ژنتیکی پیچیده انسانی مانند سرطان ناشناخته است.

مطالعات قبلی چشم انداز تغییرات در TR های کوتاه (STRs) را در ژنوم های سرطان نشان داده اند. به طور خاص، ناپایداری ریزماهواره که با تغییر در طول STR ها تعریف می شود، در انواع مختلف سرطان، از جمله در سرطان آندومتر (30٪)، معده (20٪) و کولورکتال (15٪) شایع است. ) سرطان ها با این حال، تجزیه و تحلیل سیستماتیک فراوانی گسترش های بزرگ TR در سطح ژنوم در سرطان مورد مطالعه قرار نگرفته است، حتی اگر چنین بسط هایی بیش از 25 سال پیش وجود داشته باشد.

اخیراً، ابزارهای بیوانفورماتیک جدید برای شناسایی بسط های تکراری در مجموعه داده های توالی یابی کل ژنوم (WGS) با خواندن کوتاه منجر به شناسایی گسترش های شناخته شده و جدید در بیماری های انسانی، عمدتاً در زمینه اختلالات عصبی شده است. جایی که بسط های تکراری از نظر تاریخی مورد مطالعه قرار گرفته اند. در اینجا ما ژنوم سرطان انسان را با نمونه های طبیعی مشابه برای حضور بسط های تکراری سوماتیک آنالیز کردیم. ما 160 انبساط مکرر مکرر (rREs) را در هفت نوع سرطان شناسایی کردیم، از جمله بسیاری از rREهای واقع در یا نزدیک عناصر تنظیمی شناخته شده. یکی از این rRE ها در 34 درصد از سرطان های کلیه مشاهده شد و هدف قرار دادن این گسترش تکراری با بایندرهای DNA خاص توالی منجر به کاهش وابسته به دوز در تکثیر سلولی شد. به طور کلی، رویکرد ما دسته جدیدی از تغییرات مکرر در ژنوم سرطان را شناسایی می کند و منبع اولیه این تغییرات را فراهم می کند.