ایجاد یک پلتفرم راهنما در حوزه تصویربرداری زیستی

به گزارش روابط پایگاه اطلاع رسانی علوم آزمایشگاهی ایران، بث سیمینی، معاون مدیر تجزیه و تحلیل تصویر زیستی در پلتفرم تصویربرداری در موسسه Broad MIT و هاروارد، با همکاری BioImaging آمریکای شمالی (سازمانی که همکاری را در جامعه تصویربرداری زیستی تقویت می کند)، تلاش کرده است تصویربرداری زیستی را در دسترس قرار دهد. bioimagingguide.org، یک راهنمای آنلاین برای تولید تصاویر میکروسکوپی با کیفیت بالا برای تجزیه و تحلیل کمی داده ها است.

با راهنما و مقاله همراه منتشر شده در PLOS Biology، Cimini، ربکا سنفت و باربارا دیاز-روهرر، و همکاران قصد دارند منبعی ایجاد کنند که ابزارها، تکنیک ها و اصول تصویربرداری زیستی کمی را برای زیست شناسانی که سابقه محاسباتی ندارند، قابل دسترس تر کند.

ما با Cimini به گفتگو نشستیم تا درباره چیستی bioimagingguide.org و اینکه چگونه می تواند به دانشمندانی که می خواهند تصویربرداری زیستی را وارد تحقیقات خود کنند، کمک کند.

ایده اصلی پشت bioimagingguide.org چیست؟

مراحل زیادی در ایجاد میکروسکوپ کمی خوب وجود دارد و چیزهای زیادی برای یادگیری در مورد هر یک از آنها وجود دارد. در بسیاری از مکان ها دوره های میکروسکوپی عالی و فشرده برگزار می شود، اما این دوره ها برای حدود 20 نفر در سال برگزار می شود. و شاید شما به اندازه کافی خوش شانس باشید که در مکانی با یک مرکز میکروسکوپ عالی کار کنید که در آن هر سال دوره ای مانند این را برگزار می کنند. با این حال، بسیاری از مردم اینطور نیستند.

بنابراین هدف ما گردآوری چیزی بود که یک طرح کلی از موضوعاتی را که برای شروع تصویربرداری زیستی باید بدانیم ارائه می کند و افراد را به اطلاعاتی مرتبط می کند که می توانند با سرعت خودشان به آنها مراجعه کنند.

این راهنما در ابتدا فقط به عنوان یک مقاله شروع شد، اما به زودی متوجه شدیم که اطلاعات زیادی وجود دارد. همچنین، ما راهی برای اضافه کردن چیزهای جدید به محض پیدا کردن آنها و به روز نگه داشتن راهنما می خواستیم. مقاله یک نقطه ثابت در زمان است و نشان می دهد که چه اطلاعاتی در زمان انتشار در دسترس بوده است.

هنگام نوشتن راهنما چه نوع آزمایش های تصویربرداری زیستی را در نظر داشتید؟

زمایش های تصویربرداری زیستی می تواند از یک تصویر واحد که در آن شخصی می خواهد یک چیز را اندازه گیری کند تا تصاویری که می خواهند هزاران ترابایت را اندازه گیری کنند، متغیر باشد. بسیاری از مواردی که در راهنما پوشش می دهیم، برای شخصی است که باید یک نمونه را رنگ آمیزی کند، چند ده عکس فلورسنت بگیرد و دو یا سه چیز از آن تصاویر بیاموزد.

این راهنما چه تفاوتی با سایر منابع دارد؟

این راهنما از این جهت منحصر به فرد است که موضوعات اصلی تصویربرداری زیستی را به مبتدیان در قالبی در دسترس و آنلاین آموزش می دهد که محتوای زیادی را که قبلاً در جاهای دیگر وجود داشته است گرد هم می آورد و سازماندهی می کند. ما عمداً آن را طوری ساختار دادیم که مردم بتوانند اطلاعات را در سطح وسیعی دریافت کنند، اما اگر جزئیات بخواهند، به راحتی می توانند اطلاعات بیشتری را پیدا کنند. همه چیز به یکباره روی صفحه نمایش داده نمی شود، که امیدوارم شروع آن را کمتر کند. ربکا و باربارا کار فوق العاده ای انجام دادند که تقریباً 15 نویسنده را بر روی مقاله هدایت کردند و منابع عالی را گردآوری کردند.

چه چیزی الهام بخش شما برای ایجاد راهنما شد؟

ما قبلاً می خواستیم راهی برای کمک به مردم ایجاد کنیم که داده های مناسب برای کمی سازی خوب تولید کنند، و در این گفتگوها نیاز به مقدمه ای در مورد نحوه انجام میکروسکوپ خوب را نیز دیدیم. بنابراین ما به گروه کاری انفورماتیک تصویر در آمریکای شمالی BioImaging که روی تجزیه و تحلیل تصویر کار می کند و گروه آموزشی و آموزشی که روی آموزش میکروسکوپ کار می کند، تماس گرفتیم و از آنها برای ایجاد پروژه ای مانند این راهنمایی خواستیم.

ویژگی مورد علاقه شما در وب سایت چیست؟

من همچنین در مورد یک ویژگی که ما روی آن کار می کنیم، اما هنوز فعال نشده است، بسیار هیجان زده هستم: ترجمه خودکار وب سایت. هر دانشمندی به زبان انگلیسی مسلط نیست، و در حالی که کسی همیشه می تواند از Google Translate یا چیزی شبیه به آن استفاده کند، چنین ترجمه هایی همیشه کامل نیستند. ما با گروه های آموزشی کار می کنیم تا همه مطالب را به زبان های فرانسوی، اسپانیایی و پرتغالی ترجمه کنیم و با مردم همکاری می کنیم تا سایت را به زبان های دیگر نیز ترجمه کنیم.